本实验室于2007年1月经教育部批准成立，依托清华大学建设，是国内第一个以信息系统安全为研究对象的省部级重点实验室。实验室主任为刘云浩教授（CCF理事、ACM中国理事会副主席、IEEE Transactions on Parallel and Distributed Systems副主编）。
实验室现有高水平科研队伍32人，其中院士1名、国家杰出青年基金获得者2名，46%的教师具有海外留学和工作经历。学术委员会聚集了李德毅、魏正耀、方滨兴、陈佐宁等中国工程院院士。目前在读博士研究生12名、硕士研究生56名，与国外十余所知名大学建立了长期合作关系。
实验室从系统的观点研究物理层、网络层、系统软件层、应用软件层及管理体系五个层面的信息安全，为我国信息系统安全建设提供技术支撑和人才培养。

本实验室面向国家信息安全需求，提供以下技术服务：
1.可信嵌入式系统安全服务：提供嵌入式系统形式化建模与验证、可信运行环境构建、信任链工具集开发等技术支持，保障嵌入式设备安全
2.安全协议研发服务：开展新一代核心业务系统安全协议设计、用户安全设备引入的安全协议模型分析、可信软件系统安全协议研发与验证
3.安全中间件平台服务：提供以新一代安全协议模块为核心的可扩展安全中间件平台，通过安全服务接口为信息系统提供安全和密码服务
4.信息系统安全风险评估服务：针对不同物理环境运行的系统模块建立数学模型，分析安全风险，制定相应安全措施，避免单一安全策略带来的安全隐患
5.全栈安全咨询服务：提供覆盖物理层、网络层、系统软件层、应用软件层及管理体系的全方位信息安全建设规划、技术咨询及安全策略制定服务