中药分析实验室是国家中医药管理局于2009年认定的省部级重点实验室，依托单位为中国中医科学院基础理论研究所，主任为柏冬研究员。
实验室最初成立于1980年，2005年由从事中药化学、分析、制剂、药理的专业技术人员组成新的实验室。现有人员13人，其中高级职称5人、中级职称7人、初级职称1人。骨干专家刘丽梅博士、研究员，研究方向为机理研究的实验技术、动物模型建立技术、动物行为学评定技术、神经递质的测定技术、生理活动指标的测定技术、多项血液生化指标的测定技术。

一、层析分离技术服务
提供硅胶、聚酰胺、葡聚糖凝胶、大孔树脂等层析分离技术，利用分配层析、吸附层析、排阻层析及离子交换等原理，对方剂的有效部位进行分离、纯化。核心技术包括聚酰胺柱层析技术（利用氢键结合分离酚羟基化合物）和大孔吸附树脂柱层析技术（适用于从水溶液中分离低极性或非极性化合物，具有吸附容量大、选择性好、易于解吸附等优点）。
二、色谱与光谱分析技术服务
提供液相色谱、气相色谱、薄层色谱技术及紫外-可见光谱技术。包括色谱法定性技术（利用标准样对未知化合物进行定性鉴别）、色谱法定量技术（采用外标法及内标法，通过峰面积进行定量分析）、紫外与可见光谱的定性与定量技术（利用吸收光谱特征进行化合物定性鉴别和含量测定）。
三、血液流变学与生化指标检测服务
使用血液流变仪测定多项血液流变学指标（血液粘度、血小板聚集、纤维蛋白原、凝血时间等）；使用日本京东1024i全自动生化分析仪、血中离子分析仪和美国CELL-3700血液细胞分析仪，测定十几项血液生化指标，满足方证研究中相关技术要求。