心血管分子生物学实验室是国家中医药管理局于2009年认定的省部级重点实验室，依托单位为中国中医科学院西苑医院，主任为殷惠军研究员。
实验室以血瘀证为切入点，借助基因组芯片、蛋白组学方法、RT-PCR、Western-blot等技术，研究血瘀证目标分子及其功能分析，研究心血管病状态下血瘀证的靶标，为血瘀证的客观化诊断和治疗奠定基础。实验室占地面积500余平方米，仪器总设备1000余万元，具有比较先进的仪器和设备，人才梯队合理，研究方向稳定，实验技术平台成熟，承担了多项国家、部级科研课题并获奖，成为国内先进的病证结合、方证对应与分子生物学研究基地。

一、基础研究服务
开展心血管病证结合与方证对应、血瘀证、中药有效方剂、组（成）份配伍及机理研究。包括病证结合模型的制备及中药干预研究，心血管疾病虚证的机理研究，中药有效方剂、组份筛选配伍的机理研究等。
二、实验技术平台服务
提供心血管功能学实验技术、心血管病证结合模型、心血管病证结合药理学实验技术、心血管病证结合代谢学实验技术、病证结合规范化实验技术、中药有效方剂组（成）份筛选与制备技术、心血管病证结合分子生物学实验技术等专业实验技术服务。
三、新药研发与成果转化
开展稳心颗粒治疗心律失常气阴两虚型、心康口服液治疗病毒性心肌炎热毒型等中药新药研究，获得新药证书2个，制剂批件4个，保健品2个，推动中医药科研成果转化应用。